从此前的物料来看,这一部《忍者神龟》依旧发生在纽约。在这里,四位神龟努力地让人类接受自己,神龟将回归经典的动画造型,但动画风格则有变化,感官像是定格动画。影片讲述忍者神龟四兄弟在远离人类世界多年之后,决定主动出击,希望能够靠他们的英勇事迹赢得纽约人民的心,并获得他们的接纳,成为正常的青少年。新朋友艾普尔也前来协助他们扳倒一个神祕的犯罪集团,但是当对方派出一支变种军团,他们很快发现根本就是自不量力。万亿年之后,宇宙冰期的到来使得人类不得不丢弃实体,将意识以粒子的形态存储前去寻找新的家园。而在意识重新释放、程序重启的一瞬间,观众们得以看到在离开家园的最后时刻,一个象征着全人类缩影的家庭在离别前的抉择,在以父亲和母亲分别所代表着的人类两派的争论下,我们因此重新思考何为人,以及生命的意义。